Field Detail

• options

  public Options options

• debug

  public static boolean debug

Constructor Detail

• State

  public State(Options options)

Method Detail

• getBaseName

  public String getBaseName(int index)

• getTemplateBaseName

  public String getTemplateBaseName()

• getBaseName

  public static String getBaseName(String fileName)

• getChannelName

  public String getChannelName(int channel)

• getImagePath

  public String getImagePath(int channel,
                             int index)

• getResampledPath

  public String getResampledPath(int channel,
                                 int index)

• getWarpedPath

  public String getWarpedPath(int channel,
                              int index)

• getOutputPath

  public String getOutputPath(int channel)

• getStatisticsPath

  public String getStatisticsPath()

• getStatisticsPath

  public String getStatisticsPath(int index)

• getStatistics

  public ImageMetaData getStatistics(int index)

• getTransformLabel

  public String getTransformLabel()

• getTransformLabel

  public String getTransformLabel(int method)

• getTransformMatrix

  public FloatMatrix getTransformMatrix(int index)

• getImageCount

  public int getImageCount()

• upToDate

  public static boolean upToDate(String[] sources,
                                 String target)

• upToDate

  public static boolean upToDate(String source,
                                 String target)

• save

  public boolean save(ij.ImagePlus image,
                      String path)

• getImage

  public ij.ImagePlus getImage(String path)

• getTemplateLabels

  public ij.ImagePlus getTemplateLabels()

• getTemplate

  public ij.ImagePlus getTemplate()